PBI es una organización no jerárquica y opera por consenso delegado. Esto significa que todas las entidades de PBI han sido delegadas por la Asamblea General el derecho y la responsabilidad de tomar decisiones por consenso entre sus propios miembros relativos a sus áreas de responsabilidad tal como se definen en los estatutos. Se aconseja a las entidades que consultar con los demás antes de tomar decisiones que tienen implicaciones más amplias que la propia entidad.
PBI se compone de diversas entidades que trabajan en conjunto para proteger y apoyar a los defensores de derechos humanos.
Los grupos nacionales forman la base de PBI y son los responsables de la incorporación y de la capacitación inicial de los voluntarios y de las redes de apoyo de los proyectos. Asimismo, se encargan de la incidencia, la recaudación de fondos, y las actividades de visibilización de PBI y la de las organizaciones que acompañamos. Algunos grupos nacionales además llevan a cabo educación para la paz y otros programas educativos y de sensibilización.
Los proyectos en Colombia, Guatemala, Honduras, Indonesia, Kenia, México, Nepal y Nicaragua/Costa Rica realizan acompañamientos de protección, relaciones públicas, informes, capacitación y apoyo a voluntarios, incidencia, recaudación de fondos, colaboración con otras organizaciones y publicaciones. También coordinan, junto con los grupos nacionales, la creación y activación de las redes de apoyo internacionales.
El Secretariado Internacional se compone del Consejo Internacional, el Consejo Internacional de Operaciones y la Oficina Internacional y los comités técnicos. En conjunto, son los responsables de la administración, la coordinación, las finanzas, la recaudación de fondos, el desarrollo y supervisión de las políticas, el desarrollo de la organización y las publicaciones internacionales.
El personal de la Oficina Internacional en Londres, Inglaterra, es responsable del desarrollo de la organización, la coordinación, las comunicaciones, la gestión financiera y la administración. Más abajo puede encontrarse su dirección.
El máximo organismo decisorio de PBI es la Asamblea General (GA), que se reúne cada tres años y se compone de los representantes de los proyectos y de los grupos nacionales de PBI.
El Consejo Internacional (IC), compuesto por 11 consejeros independientes, es responsable de la gestión pública. Todos los integrantes del IC son directores de la corporación sin fines de lucro PBI registrado en el Estado de Washington, EE.UU.
El Consejo Internacional de Operaciones (IOC), que consta de representantes del personal de proyectos y grupos de países, es responsable de las cuestiones operativas.
Los miembros actuales del IOC son: Anna Manconi, PBI Suiza; Karim Jah, PBI Alemania; Amaya de Miguel, PBI Guatemala; Amanda Ansejo, PBI Colombia; Carla Cavarretta, PBI México; Gabriela Vargas, PBI Nicaragua/Costa Rica; Sierra Schraff Thomas, Oficina Internacional; Alberto Fait, PBI Kenia; Giovanna Teijido Vázquez, PBI Honduras; Andrew de Sousa, PBI Indonesia, Faith Garlinghton y Jorge Rodriguez-Larrain. PBI EE.UU., Alberto Guerrero, PBI Cataluña, y Brent Patterson, PBI Canadá.
Ambos consejos se encuentran cara a cara anuales y mensuales por conferencia telefónica. Ellos son apoyados por personal de IO y por los comités y grupos de trabajo cuyos miembros tienen conocimientos especializados en determinadas áreas de la gobernanza y las operaciones.
El Secretariado Internacional y los proyectos forman la estructura global de PBI que es registrada como corporación sin fines de lucro en el estado de Washington, Estados Unidos. Los grupos nacionales y asociados son organismos independientes que determinan sus propias estructuras y son legalmente responsables de sus acciones.
PBI tiene estatus de ONG asociada al Departamento de Información Pública de las Naciones Unidas y Estatus Consultivo ante el Consejo Económico y Social (ECOSOC) de la ONU.